Saudara Ju Byung-woo (Lee He-joon) dan Ju Byung-ki (Lee Sang-yeob) adalah penyelundup di Seoul yang mendapati bahwa imigran ilegal telah meninggal dalam sebuah kontainer pengiriman karena penyakit yang tidak diketahui. Mereka mengambil satu-satunya yang selamat, Monssai (Lester Avan Andrada) dan video ponsel jenazah untuk menunjukkan kepada atasan mereka di Bundang, tetapi Byung-woo menjadi sakit dan Monssai melarikan diri. Saudara-saudara pergi ke sebuah klinik di mana penularannya diturunkan kepada orang lain yang menyebarkannya ke seluruh kota.
Di Pusat Penelitian, Pengkajian, dan Karantina Penyakit di Bundang, Dr. Kim In-hae (Park Soo-ae) ditegur karena kehilangan data penting ketika mobilnya jatuh ke poros tambang hari sebelumnya. Tasnya diambil dari poros oleh anggota Emergency Response Team (ERT) Kang Ji-goo (Jung Jang-hyuk) dan Bae Kyung-ub (Yoo Hae-jin). Ji-goo menjawab teleponnya dan memberikan tas itu kepada putri In-hae Mi-reu (Park Min-ha).
Kondisi Byung-woo memburuk dan ia mulai batuk darah menghitam. Saudaranya membawanya ke ruang gawat darurat, di mana ia diisolasi dengan flu yang tidak diketahui. Dipanggil untuk membantu, In-hae menemukan video ponsel dan berteori bahwa kondisi dalam wadah pengiriman memungkinkan virus bermutasi. Byung-ki menolak untuk menjawab pertanyaan tentang wadah. Byung-woo meninggal, dan Byung-ki memaparkan beberapa staf rumah sakit sambil berjuang untuk mendapatkan saudaranya.
Keesokan harinya, lebih banyak orang menunjukkan gejala yang jelas. Dengan bantuan dari Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit Korea (P4K), staf rumah sakit menemukan dan membakar kontainer pengiriman. Namun, tikus yang telah memakan mayat melarikan diri ke kota. Staf menentukan bahwa virus agresif adalah strain H5N1 bermutasi yang dapat membunuh dalam waktu 36 jam, dan panggilan untuk mengkarantina kota.
Monssai menyelamatkan Mi-reu dari ditabrak mobil. Dia kemudian menghindarinya, sadar bahwa dia sedang menyebarkan penyakit. Mi-reu memanggil Ji-goo untuk membantu mencari pria yang sakit itu, tetapi mereka tidak berhasil. Desas-desus tentang wabah menyebar dan orang-orang mulai panik. Ji-goo menyelamatkan seorang wanita yang jatuh dari eskalator, dan kehilangan pandangan Mi-reu.
Sementara meremehkan kebutuhan akan karantina, administrator dan politisi dihadapkan dengan situasi bencana ketika orang-orang runtuh di jalan, termasuk pengemudi yang menyebabkan serangkaian kecelakaan hebat. Rumah sakit dan sistem komunikasi menjadi kewalahan, dan karantina dimulai. Politisi dan staf peneliti mengungsi ke Seoul dan memberi tahu Perdana Menteri (Kim Ki-hyeon), yang membuat pengumuman publik yang memperburuk kepanikan di Bundang.
In-hae tetap di Budang dan bergabung dengan Ji-goo untuk mencari Mi-reu. Mereka menemukannya di supermarket yang sedang dijarah, dengan orang-orang menunjukkan gejala sementara polisi anti huru hara berusaha menahannya. Ketiga berhasil keluar sebelum jendela baja turun. In-hae mendapatkan mereka bagian ke Seoul, tetapi Ji-goo menolak untuk meninggalkan tugasnya dan bekerja dengan Kyung-ub untuk membebaskan mereka yang terjebak di toko. In-hae dan Mi-reu mencapai helikopter terakhir untuk Seoul, tetapi Mi-reu menunjukkan gejala dan mereka ditolak.
Pada malam hari, karantina Bundang diperkuat oleh Tentara Republik Korea, pasukan cadangan, Pasukan Amerika Serikat Korea, dan P4K. Populasi dipindahkan ke kamp di luar stadion olahraga. Gejala-gejala yang ditampilkan selanjutnya diisolasi di zona karantina bagi yang terinfeksi (IQZ) di bawah stadion untuk menerima perawatan medis, meskipun In-hae tahu mereka tidak memiliki obat. Dia menyelinap Mi-reu melalui pemeriksaan untuk menyembunyikan penyakitnya dan terus memakai topeng Mi-reu sehingga dia tidak akan menginfeksi orang lain. Pada hari kedua, Monssai ditemukan di zona isolasi. Proposal In-hae untuk langsung menyuntikkan antibodinya ke pasien ditolak, tetapi dia diam-diam memulai transfusi ke Mi-reu, yang kondisinya memburuk. Kemudian, kondisi Mi-reu terpapar dan dia dikirim ke IQZ.
Ada kegelisahan di kamp karena pemadaman komunikasi, kondisi hidup yang sulit, konfrontasi dengan penjaga mengenakan masker gas, tembakan sporadis dimaksudkan untuk mencegah burung menyebarkan penyakit, dan desas-desus bahwa orang yang terinfeksi sedang dibunuh. Tekanan dari Leo Snyder (Boris Stout) dari Organisasi Kesehatan Dunia dan politisi memaksa Presiden (Cha In-pyo) untuk mengingkari janji untuk melepaskan yang tidak terinfeksi setelah 48 jam, dan kerusuhan pecah. Ketika seorang prajurit yang terinfeksi secara fatal ditembak oleh seorang perwira, gerombolan menjadi marah dan badai IQZ. Mereka melihat Ji-goo menyelamatkan Mi-reu dari tumpukan mayat yang sedang dibakar, dan percaya bahwa yang terinfeksi dibakar hidup-hidup.
In-hae dan staf medis melarikan diri dari kerumunan, tetapi Byung-ki membunuh Monssai dalam serangan bunuh diri untuk membalas kematian saudaranya. Mi-reu mulai pulih, dan Ji-goo membawanya ke jalan raya untuk bertemu In-hae. Namun, Gook-hwan (Ma Dong-seok), seorang pria yang terinfeksi yang telah menghasut kerusuhan, memimpin massa bersenjata menuju jalan raya. Mengetahui bahwa Mi-reu memiliki antibodi, Gook-hwan menembak Ji-goo, mengakibatkan pertempuran senjata yang mematikan antara massa dan tentara.
Ji-goo menyembunyikan Mi-reu, yang membuat pemulihan penuh. Gook-hwan mencoba untuk memberikan dirinya transfusi darahnya, tetapi ditemukan dan terbunuh dalam perjuangan dengan Kyung-ub. Mi-reu melarikan diri dan didorong ke depan massa, yang menghadapi tentara di jalan raya. In-hae ditembak ketika mencoba mencegah Mi-reu melewati garis polisi berwarna jingga. Mi-reu melindungi ibunya dan memohon agar mereka berhenti, lalu gerombolan perisai itu melindungi Mi-reu. Presiden memerintahkan tentara untuk mundur, dan memaksa Snyder untuk membatalkan serangan udara. Mi-reu dikirim ke Seoul untuk membuat vaksin sementara tim medis dikirim ke Bundang.
